1918年，森鷗外擔任帝室博物館總長，兼任圖書館館長，帝室博物館包含了東京、京都、奈良這三地的博物館。奈良博物館旁這個石碑就是他官舍門口，後來每一年秋天，森鷗外都會回到奈良正倉院。
森鷗外在留學德國用漢文寫日記，書信往返文字量非常多，甚至在過世後還找出與家人的書信，若在今日寫臉書，應該會是寫太多而被臉書封鎖的人，在奈良期間，就寫了短歌五十首，描述了許多寺廟的節慶，也記錄了奈良的景色。
1893-1899年，擔任陸軍軍醫學校校長期間，曾經陪同北白川宮能久親王來台（1895/5/29-9/22），據研究陸軍士兵換得腳氣病的原因是森鷗外所造成的，他認為腳氣病是因為細菌傳染，而不是因為食物不夠營養，海軍因為在飲食上改善，所以患病者減少，但是來台陸軍25000名士兵居然90%換得腳氣病，二千多人病死。後來日俄戰爭前，森鷗外仍舊認為是細菌傳染，大力推廣『征露丸』，陸軍染上腳氣病者眾，征露丸並沒有改善，反而是後來變成了胃腸良藥。
森鷗外的大兒子森於菟，是他第一任妻子所生，來台灣時把森鷗外的遺物、遺稿全部帶來。1939-1941，1944-45年擔任台北帝國大學醫學部部長，由於戰後不能把森鷗外的遺物全部搬回日本，所以暫時放在朋友家裡。
或許是戰爭期間留下來的仇恨，也或許真的森鷗外毀譽參半，不少評論者是用後來的結果，來評論他所寫的文字，這點我較不能認同。以漢字寫日記，並且留下許多漢詩、短歌，這樣的功勞也不可沒。
